根目錄是整個系統最重要的一個目錄，因為不但所有的目錄都是由根目錄衍生出來的， 同時根目錄也與開機/還原/系統修復等動作有關。 由於系統開機時需要特定的開機軟體、核心檔案、開機所需程式、 函式庫等等檔案資料，若系統出現錯誤時，根目錄也必須要包含有能夠修復檔案系統的程式才行。 因為根目錄是這麼的重要，所以在FHS的要求方面，他希望根目錄不要放在非常大的分割槽內， 因為越大的分割槽妳會放入越多的資料，如此一來根目錄所在分割槽就可能會有較多發生錯誤的機會。
因此FHS標準建議：根目錄(/)所在分割槽應該越小越好， 且應用程式所安裝的軟體最好不要與根目錄放在同一個分割槽內，保持根目錄越小越好。 如此不但效能較佳，根目錄所在的檔案系統也較不容易發生問題。
有鑑於上述的說明，因此FHS定義出根目錄(/)底下應該要有底下這些次目錄的存在才好：
目錄
應放置檔案內容
/bin
系統有很多放置執行檔的目錄，但/bin比較特殊。因為/bin放置的是在單人維護模式下還能夠被操作的指令。 在/bin底下的指令可以被root與一般帳號所使用，主要有：cat, chmod, chown, date, mv, mkdir, cp, bash等等常用的指令。
/boot
這個目錄主要在放置開機會使用到的檔案，包括Linux核心檔案以及開機選單與開機所需設定檔等等。 Linux kernel常用的檔名為：vmlinuz，如果使用的是grub這個開機管理程式， 則還會存在/boot/grub/這個目錄喔！
/dev
在Linux系統上，任何裝置與周邊設備都是以檔案的型態存在於這個目錄當中的。 你只要透過存取這個目錄底下的某個檔案，就等於存取某個裝置囉～ 比要重要的檔案有/dev/null, /dev/zero, /dev/tty, /dev/lp*, /dev/hd*, /dev/sd*等等
/etc
系統主要的設定檔幾乎都放置在這個目錄內，例如人員的帳號密碼檔、 各種服務的啟始檔等等。一般來說，這個目錄下的各檔案屬性是可以讓一般使用者查閱的， 但是只有root有權力修改。FHS建議不要放置可執行檔(binary)在這個目錄中喔。比較重要的檔案有： /etc/inittab, /etc/init.d/, /etc/modprobe.conf, /etc/X11/, /etc/fstab, /etc/sysconfig/ 等等。另外，其下重要的目錄有：
/home
這是系統預設的使用者家目錄(home directory)。在你新增一個一般使用者帳號時， 預設的使用者家目錄都會規範到這裡來。比較重要的是，家目錄有兩種代號喔：
~：代表目前這個使用者的家目錄，而
~dmtsai ：則代表 dmtsai 的家目錄！
/lib
系統的函式庫非常的多，而/lib放置的則是在開機時會用到的函式庫， 以及在/bin或/sbin底下的指令會呼叫的函式庫而已。 什麼是函式庫呢？妳可以將他想成是『外掛』，某些指令必須要有這些『外掛』才能夠順利完成程式的執行之意。 尤其重要的是/lib/modules/這個目錄， 因為該目錄會放置核心相關的模組(驅動程式)喔！
/media
media是『媒體』的英文，顧名思義，這個/media底下放置的就是可移除的裝置啦！ 包括軟碟、光碟、DVD等等裝置都暫時掛載於此。常見的檔名有：/media/floppy, /media/cdrom等等。
/mnt
如果妳想要暫時掛載某些額外的裝置，一般建議妳可以放置到這個目錄中。 在古早時候，這個目錄的用途與/media相同啦！只是有了/media之後，這個目錄就用來暫時掛載用了。
/opt
這個是給第三方協力軟體放置的目錄。什麼是第三方協力軟體啊？ 舉例來說，KDE這個桌面管理系統是一個獨立的計畫，不過他可以安裝到Linux系統中，因此KDE的軟體就建議放置到此目錄下了。 另外，如果妳想要自行安裝額外的軟體(非原本的distribution提供的)，那麼也能夠將你的軟體安裝到這裡來。 不過，以前的Linux系統中，我們還是習慣放置在/usr/local目錄下呢！
/root
系統管理員(root)的家目錄。之所以放在這裡，是因為如果進入單人維護模式而僅掛載根目錄時， 該目錄就能夠擁有root的家目錄，所以我們會希望root的家目錄與根目錄放置在同一個分割槽中。
/sbin
Linux有非常多指令是用來設定系統環境的，這些指令只有root才能夠利用來『設定』系統，其他使用者最多只能用來『查詢』而已。 放在/sbin底下的為開機過程中所需要的，裡面包括了開機、修復、還原系統所需要的指令。 至於某些伺服器軟體程式，一般則放置到/usr/sbin/當中。至於本機自行安裝的軟體所產生的系統執行檔(system binary)， 則放置到/usr/local/sbin/當中了。常見的指令包括：fdisk, fsck, ifconfig, init, mkfs等等。
/srv
srv可以視為『service』的縮寫，是一些網路服務啟動之後，這些服務所需要取用的資料目錄。 常見的服務例如WWW, FTP等等。舉例來說，WWW伺服器需要的網頁資料就可以放置在/srv/www/裡面。
/tmp
這是讓一般使用者或者是正在執行的程序暫時放置檔案的地方。 這個目錄是任何人都能夠存取的，所以你需要定期的清理一下。當然，重要資料不可放置在此目錄啊！ 因為FHS甚至建議在開機時，應該要將/tmp下的資料都刪除唷！