ABINIT--源码编译安装
软件简介
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ABINIT是采用GNU开放源代码的形式来发布的，可以免费下载使用。其主程序使用赝势和平面波，用密度泛函理论计算总能量，电荷密度，分子和周期性固体的电子结构，进行几何优化和分子动力学模拟，用TDDFT（对分子）或GW近似（多体微扰理论）计算激发态。此外还提供了大量的工具程序。程序的基组库包括了元素周期表1-109号所有元素。ABINIT适于固体物理，材料科学，化学和材料工程的研究，包括固体，分子，材料的表面，以及界面，如导体、半导体、绝缘体和金属。
安装
推荐使用 intel parallel studio 集群版编译安装，本文档以用intel编译器编译的openmpi为例（关于mpi的编译安装请参见常用mpi安装文档）。
文件准备：
ABINIT提供一些额外的插件功能支持，包括bigdft、netcdf、etsf、wannier90等，这些插件包并不包含在安装包里，在配置过程中会自动从网上下载，如果安装时不能访问互联网，但又想安装这些插件，可以先下载这些插件包，一并上传到服务器上，并在configure时
使用--with-tardir参数指定这些软件包的存储路径(/share/source/Abinit/ext_tar)。插件包包括：
atompaw-3.0.1.9.tar.gz
bigdft-abi-1.0.4.tar.gz
etsf_io-1.0.4.tar.gz
FoX-4.1.2.tar.gz
lapack-abinit_6.10.tar.gz
libxc-2.0.1.tar.gz
wannier90-1.2.0.1.tar.gz
编译安装
source /share/scripts/openmpi-intel.env
cd /share/source/Abinit
tar -xvf abinit-7.6.1.tar.gz
cd abinit-7.6.1
./configure \ #指定使用intel的编译器
--prefix=/share/apps/Abinit7.6.1 \ #指定软件安装路径
--enable-64bit-flags \ #开启64位相关标志
--enable-mpi \ #开启mpi支持
--with-mpi-prefix=/share/apps/mpi/openmpi-1.6-intel \ #指示mpi安装的路径
--with-linalg-libs="-L/share/apps/goto2/ -llibgoto2" \ #指示blas+lapack库
--with-tardir=/share/apps/source/Abinit/ext_tar #指定扩展包放置路径
make && make install
运行测试
测试前的准备
su - test
mkdir abinit_test
cd abinit_test
cp /share/apps/Abinit7.6.1/share/abinit-test/v1/Input/t01.in .
创建输入控制文件 t01.run，文件内容如下
cat t01.run
t01.in #输入参数存放文件名
t01.out #输出文件文件名
t01.i #输入文件前缀名
t01.o #输出文件前缀名
t01 #
/share/apps/Abinit7.6.1/share/abinit-test/Psps_for_tests/13al.pspgth #设置赝势的文件名
载入使用的环境变量
source /share/scripts/openmpi-intel.env
手动运行abinit
mpirun -np 4 –host node1 /share/apps/Abinit7.6.1/bin/abinit
使用PBS脚本提交
作业提交脚本如下
cat abinit_test.pbs
#!/bin/bash
#PBS -N abinit_test
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=4:ppn=1
#PBS -j oe
#PBS -l walltime=10:00:00
cd $PBS_O_WORKDIR
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /share/apps/Abinit7.6.1/bin/abinit
提交作业：qsub abinit_test.pbs
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