种植环节的两大问题已成为困扰中药材发展的全国性问题：一方面由于中药品种混杂，药农在引种时不认识，造成药材品种和质量因混杂而逐渐退化；另一方面，品种的重茬的连续耕作方式，则令病虫害交叉感染、土地退化。
由于农业技术集中于几种主要作物的研究以及药材的多样性，使得每一品种的研究人员都显得稀缺，更难获得有效成果。与基础农业相比，药材的种植技术因此远远落后得多。
以黄芪、当归、党参等药材中常见的麻口病为例，曾有不少科研人员进行了大量研究。但针对其研发的产品，实用性很弱，农民最后只能使用高毒高残农药。
不规范的农药施用同时亦归因于农技指导系统的失灵。在中国的广大乡村中，农技站在某种意义上已经成为只卖化肥不指导的经营企业。
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